Berbicara tentang keberadaan RSK Lindimara sesungguhnya tidak dapat dipisahkan dengan pelayanan kerohaniaan yang ada di dalamnya. Bukanlah Rumah Sakit Kristen namanya apabila tidak disertai dengan pelayanan kerohanian yang memberi muatan iman seturut dengan visi misi sebuah Rumah Sakit Kristen.

Dapat dikatakan usia pelayanan kerohanian RSK Lindimara “Serenta” (seusia) RSK Lindimara saat ini. Maka adalah perlu adanya pembenahan atau pengembangan yang terus menerus dalam dunia pelayanan kerohanian itu sendiri dalam menunjang pelayanan kesehatan RSK Lindimara yang Holistik.

Program pelayanan yang dilakukan di RSK Lindimara anatara lain:
1. Pelayanan Ibadah:

• Ibadah karyawan jam 7.30 WIT
• Ibadah dan doa bersama karyawan/i dengan pasien 08.00 WIT
• Ibadah subuh pasien pukul 06.00 WIT  lewat radio
• Ibadah siang jam 12.00 WIT
• Ibadah malam pasien pukul 20.30 WIT  lewat radio
• Ibadah pelepasan jenasah
• Ibadah dalam rangka hari raya dan hari penting Rumah Sakit

2. Pelayanan konseling dan kunjungan

• Pendampingan menjelang ajal kepada pasien, kepada keluarga dan pendampingan khusus kepada anak-anak yang berduka.
• Pendampingan kepada pasien operasi dan keluarganya.
• Pendampingan kepada korban percobaan bunuh diri dan keluarganya
• Pendampingan kepada pasien depresi.
• Pendampingan kepada pasien yang dinyatakan mengidap penyakit kronis, dsb.

3. Pekabaran Injil dan Pelayanan Bakti Sosial